Trong phim "X-Men: Liên Minh Dị Nhân" (X-Men 2), câu chuyện diễn ra vài tháng sau khi X-Men đánh bại Magneto và giam cầm anh ta. Tuy nhiên, một ngày nọ, một người đột biến tên Nightcrawler xâm nhập vào Nhà Trắng và cố gắng ám sát tổng thống, dẫn đến việc chính phủ tăng cường các biện pháp chống đột biến. Trong khi đó, Logan đang trong hành trình khám phá quá khứ của mình. Nhà khoa học William Stryker phát hiện ra trường bí mật của Giáo sư X và công cụ Cerebro, trong khi Mystique – đồng minh của Magneto – lên kế hoạch giải cứu anh. Trường của Giáo sư X bị tấn công bởi lực lượng của Stryker, khiến Logan, Rogue, Iceman và một số thành viên khác phải trốn thoát. Họ đã gặp Magneto ở Boston và cùng nhau hình thành một liên minh bất ngờ để ngăn chặn Stryker và cứu Giáo sư X, tạo nên những tình huống gay cấn và đầy kịch tính trong hành trình này.
